Στην Ιατρική Σχολή έχουν λειτουργήσει /ή λειτουργούν οκτώ μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών, τέσσερα με διοικητική ευθύνη της Σχολής και τέσσερα με διοικητική ευθύνη άλλων Σχολών ή Τμημάτων.Τα Μεταπτυχιακά αυτά Προγράμματα οδηγούν στη λήψη Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης (ΜΔΕ) και δέχονται αποφοίτους Ιατρικής και άλλων συναφών επιστημονικών πεδίων. Οι διπλωματούχοι μπορούν να συνεχίσουν για εκπόνηση διδακτορικής διατριβής